Giai đoạn 1: Trung tâm hoạt động gắn với cơ chất để tạo phức hợp enzyme cơ chất.

Khi cơ chất liên kết vào, trung tâm hoạt động sẽ thay đổi đôi hình dạng để khớp với cơ chất (mô hình “khớp cảm ứng) tạo thành phức hợp enzyme – cơ chất. Phức hợp này được tạo bởi các liên kết yếu, tạm thời nhằm tạo điều kiện cho sự biến đổi cơ chất nhanh chóng.

Giai đoạn 2: Enzyme tương tác với cơ chất để tạo ra sản phẩm.

Khi phức hệ enzyme – cơ chất được hình thành, enzyme tiến hành cắt các liên kết có trong cơ chất để tạo thành sản phẩm
Giai đoạn 3: Sản phẩm được giải phóng, enzyme tiếp tục liên kết với cơ chất để tạo sản phẩm.

Sản phẩm sau khi được tạo thánh sẽ được giải phóng, enzyme sẽ tiếp tục gắn vào cơ chất khác để tiến hành biến đổi cơ chất

Enzyme là chất xúc tác sinh học được tổng hợp trong các tế bào sống.

Cấu trúc enzyme: được cấu tạo từ protein, ngoài ra còn có thành phần là protein và cofactor là ion kim loại (như Fe²⁺, Mg²⁺, Cu²⁺...) hoặc các phân tử hữu cơ (như phân tử heme, biotin...). Mỗi enzyme thường có một trung tâm hoạt động

Cơ chế hoạt động enzyme:

+ Trung tâm hoạt động có cấu hình không gian phù hợp liên kết với cơ chất làm cho cả hai biến đổi cấu hình

+ Sau khi phả ứng xảy ra, sản phẩm tạo thành sẽ có cấu hình không gian thay đổi và rời khỏi enzyme, enzyme trở lại hình dạng ban đầu.

Enzyme có vai trò xúc tác các phản ứng chuyển hóa năng lượng trong quá trình chuyển hóa, enzyme đã làm giảm năng lương hoạt hóa cần thiết cho các phản ứng xảy ra xuống mức độ thấp nhờ đócó thể làm tăng tốc phản ứng.

Vì mỗi phân tử thì sẽ có một trung tâm hoạt động khác nhau để kết hợp với cơ chất nhất định, nên khi trung tâm hoạt động bị thay đổi hình dạng không phù hợp với cơ chất thì sẽ làm cho enzym trở nên bất hoạt và không thể thay đổi cơ chất

Các loại thuốc này gây ức chế giai đoạn của quá trình nhân lên HIV đó là giai đoạn phiên mã ngược và tổng hợp DNA sợi kép bằng cách tác động gây ức chế các enzyme và protein của HIV.

Mô tả mối quan hệ giữa các cấp độ tổ chức sống ở cơ thể người được thể hiện ở hình 3.2:

- Quan hệ thứ bậc về cấu trúc: Các cấp độ tổ chức tạo nên hệ tiêu hóa trong cơ thể người có mối quan hệ thứ bậc về cấu trúc trong đó tế bào biểu mô ruột → biểu mô ruột → ruột non → hệ tiêu hóa → cơ thể.

- Quan hệ thứ bậc về chức năng: Tế bào biểu mô ruột thực hiện chức năng hấp thụ chất dinh dưỡng, nhờ đó ruột non và hệ tiêu hóa thực hiện được chức năng tiêu hóa và hấp thụ dinh dưỡng của cơ thể người. 

Quá trình nhân lên của HIV trong tế bào vật chủ:

(1) Hấp thụ: Gai glycoprotein của virus tiếp xúc với tế bào lympho T ở thụ thể CD4.

(2) Xâm nhập: Virus HIV vào xâm nhập vào bên trong nhờ cơ chế dung hợp màng.

(3) Tổng hợp: Nhờ enzyme phân giải lớp vỏ, chúng giải phóng hệ gene vào tế bào chất, tại đây chúng tiến hành phiên mã ngược để tạo ra đoạn DNA từ mạch RNA ban đầu. Đoạn DNA xâm nhập vào nhân tế bào, cài xen vào bộ gene của tế bào lympho T, nhờ đó chúng nhân lên cùng với phân tử DNA của tế bào và phiên mã để tạo ra RNA của virus. RNA đi ra ngoài tế bào chất, tiến hành tổng hợp thành vật chất di truyền của HIV và lớp vỏ của chúng. Ở giai đoạn gắn vào DNA của vật chủ, chúng có thể tạo thành tiền virus và theo chu trình tiềm tan.

(4) Lắp ráp: RNA cùng với protein tạo thành nucleocapsid. Đồng thời, các protein của lớp vỏ ngoài được gắn lên màng tế bào.

(5) Phóng thích: Nucleocapsid đi ra ngoài theo cơ chế xuất bào, màng tế bào bao lấy nucleocapsid và tạo thành lớp vỏ ngoài.

- Quá trình tổng hợp ATP: Một nhóm phosphate liên kết với ADP để hình thành nên ATP.

- Quá trình phân giải ATP: Khi tế bào sử dụng ATP để cung cấp năng lượng, ATP sẽ bị phân giải thành ADP và giải phóng một nhóm phosphate.